虽然在过去的20年来企业花费了大量的金钱在企业流程和特殊功能应用系统的实现上，然而到目前为止，许多这些流程或系统仍然没有集成在一起，用户不能够访问到大量存在这些系统中的结构化和非结构化的信息。目前的管理信息系统面临的挑战如下：

1） 在企业中分布着太多结构化的和非结构化的信息碎片。有用的企业信息以各种不同的格式存在于不同的数据库中，分布在企业不同的地点，甚至连企业的员工都不知道它的存在或不能够获取到对其工作有帮助的信息，实际上已在企业形成了各种各样的信息孤岛。

2） 各个子系统之间缺乏统一的访问门户，用户界面风格各异，客户端系统软件配置繁杂。子系统间相对封闭，

相关性考虑较少，虽然含有丰富的信息资源，但却难以实现信息共享和集成应用。

3） 不能够清晰地意识到在信息系统上的投资的实质回报，企业需要经常更换或改进原有的信息系统。

4） 不能够有效地提高员工的劳动生产率，使员工在有限的个人志愿下创造更大的价值。

5） 不能够使员工协同工作以及共享在企业内和企业外的有价值信息，从而使决策更加准确和快捷。

系统缺乏柔性，系统难以根据市场和机构的变化及时做出调整。